服務介紹

空間轉(zhuǎn)錄組測序是將基因的表達與組織切片的免疫組化圖像進行整合，將組織內(nèi)不同細胞的基因表達信息定位到組織的原始空間位置上去，從而能夠定位和區(qū)分功能基因在特定組織區(qū)域內(nèi)的活躍表達，直觀檢測組織中不同部位基因表達的差異。

圖1 空間轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)流程示意圖。(source: Rao A, et al., 2021）

技術(shù)應用

腫瘤學：腫瘤微環(huán)境、腫瘤異質(zhì)性、 病程進展、癌癥形態(tài)、腫瘤浸潤性淋巴細胞；

免疫學：免疫細胞浸潤、免疫細胞中的基因表達特征、免疫細胞擴散情況

病理學：通過添加基因表達維度，得到形態(tài)學結(jié)論；

發(fā)育生物學：基因表達定位到相應的位 置、發(fā)現(xiàn)組織背景中與形 態(tài)形成相關(guān)基因神經(jīng)科學繪制大腦的各個細胞層、 區(qū)分正常與患病的大腦解剖特征。

技術(shù)優(yōu)勢

① 將具有空間分辨率的轉(zhuǎn)錄組分析與形態(tài)學背景想結(jié)合；

② 在多種樣本類型中獲得高通量基因表達譜 ；

③ 通過繪制所有基因活動發(fā)生的位置，全面了解疾病的 復雜性；

④ 通過無偏分析發(fā)現(xiàn)新的目標；

⑤ 無需裂解樣品以進行基因表達研究。

吉賽優(yōu)勢

ü 更全面更深入生信分析：吉賽專業(yè)生信團隊提供全面多元化的生信分析，且可整合多樣本分析。

ü 完備的多組學研究平臺：具備完善的多個空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)平臺，可以與單細胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、代謝組等其他組學數(shù)據(jù)結(jié)合，提供多維度的生物學見解。

空間轉(zhuǎn)錄測序平臺對比

空間轉(zhuǎn)錄組學測序方法的系統(tǒng)比較

Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods

IF：36.1

測序策略：空間轉(zhuǎn)錄組測序

研究方法

研究選擇具有明確形態(tài)學特征的小鼠胚胎眼、小鼠腦的海馬區(qū)域和小鼠嗅球作為參考組織，生成多個平臺的數(shù)據(jù)。這些組織因其已知的形態(tài)模式和異質(zhì)性表達特征，成為sST基準研究的理想?yún)⒖紭颖尽Ｑ芯空呓⒘艘粋€標準基準測試流程，以實現(xiàn)sST方法的均勻數(shù)據(jù)處理和公平比較。

研究結(jié)果

研究發(fā)現(xiàn)分子擴散是影響不同方法和組織有效分辨率的關(guān)鍵。空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)展示了獨特的屬性，不僅為單細胞數(shù)據(jù)增加了空間軸，還包括增強捕獲具有特定標記的亞細胞狀態(tài)的能力。研究還發(fā)現(xiàn)，不同sST技術(shù)生成的數(shù)據(jù)在下游應用（如聚類、區(qū)域注釋和細胞間通訊分析）中表現(xiàn)出不同的能力。此外，研究者還強調(diào)了sST數(shù)據(jù)中基因檢測偏差的問題。

a：對各平臺生成的表達譜進行處理，得到聚類結(jié)果。b：對各平臺下采樣的眼睛區(qū)域數(shù)據(jù)進行聚類，各平臺眼睛區(qū)域的總讀取數(shù)相等。

組織樣本

切片/包埋塊樣本

* 由于單細胞樣品要求較嚴格，具體送樣方法請詳詢銷售或技術(shù)支持