服務介紹

核糖體是大部分細胞中體積最大的大分子之一，密度較高，基于這些特點，Polysome-seq利用蔗糖梯度超速離心法可分離游離、結合40S核糖體小亞基、結合60S核糖體大亞基或結合單/多個核糖體的mRNA分子。將上述感興趣的各個組分的溶液進行濃縮、提取RNA，然后通過高通量測序分析，能有效地分析翻譯組，如翻譯效率、非編碼RNA的翻譯或與翻譯調控高度相關的非翻譯區（UTRs），有利于研究從RNA到蛋白之間的翻譯水平調控機制。

Polysome profiling實驗流程概要（source：Su D, et al., 2024）

技術應用

①準確檢測蛋白翻譯效率；

②分析目標RNA降解、翻譯起始和抑制等機制，研究翻譯調控與基因表達；

③挖掘潛在翻譯的非常規RNA，如lncRNA、circRNA的翻譯。

技術優勢

①直觀反映翻譯狀態：Polysome profiling技術能夠直觀地反映細胞和組織內的翻譯狀態，通過分析不同組分中mRNA的分布，可以了解特定mRNA的翻譯活躍程度；

②有助于理解翻譯動態變化：Polysome profiling能夠檢測翻譯中發生巨大變化的RNA，結合測序技術，有助于理解在不同生理或病理狀態下翻譯動態的變化。

測序方案

測序平臺：Illumina HiSeq X10

測序模式：PE150

測序數據量：10G

吉賽翻譯組技術服務內容

 Polysome Profiling圖譜示例

特點	Polysome profiling/ Polysome-seq	Ribo-seq	RNC-seq	Disome-seq
mRNA長度	全長	核糖體保護片段區域	全長	雙核糖體保護片段區域
翻譯中RNA回收難度	難	難	易	難
起始量	多	多	少	多
測序方法	Microarray/NGS	NGS	Microarray/NGS	NGS
測序長度	任意	22-35 nt	任意	約54-68 nt
檢測序列變異	√	×	√	×
UTR	√	×	√	×
檢測核糖體位置、密度、ORF、uORF	×	√	×	√
每條mRNA上核糖體數目	√	×	×	×
技術難點	離心，梯度液分離，RNA 回收	酶切條件	RNC-mRNA 易斷裂	酶切條件
生理條件	√	√	√	√
吉賽服務項目	圖譜（5或18組分）	Ribo-seq測序分析	RNC-seq測序分析	無圖譜-Disome-seq測序分析
	圖譜+RNA（5或18組分）
	圖譜+qPCR（5或18組分）
	圖譜+WB（5或18組分）			圖譜+Disome-seq測序分析
	圖譜+測序（組分⑤單文庫）
	圖譜+測序（雙文庫-Light+Heavy組分）
	圖譜+測序（雙文庫-Free+Binding組分）

 

翻譯組重構控制飲食及其對腫瘤發生的影響

標題：Remodelling of the translatome controls diet and its impact on tumorigenesis

發表期刊：Nature

發表時間：2024年8月14日

利用高通量測序技術（PolyRibo-seq），分析小鼠模型肝臟在禁食狀態下的翻譯組變化。使用肝臟組織樣本進行多聚核糖體超速離心分級分離，得到含有不同數量核糖體的mRNA。將分離出的mRNA進行純化，并用于建文庫測序。研究顯示在禁食期間，全局翻譯下降，肝臟細胞選擇性地重構翻譯組。

c. 蔗糖梯度分離喂食和禁食24 h的WT肝裂解物的代表性多聚核糖體圖譜。無翻譯或低翻譯部分(2-7)和多聚核糖體部分(8-13)用于PolyRibo-seq；

d. 空腹時轉錄本翻譯效率(TE)的log2倍變化(FC)火山圖。紅點表示翻譯水平顯著上調的基因；

e. 以Wiki通路為基礎，富集了翻譯顯著上調的基因；

f：在喂食和禁食的WT肝臟蔗糖梯度部分，指示mRNA分布的百分比。

基礎分析

原始數據質控評估

比對結果質控評估

基于基因表達的樣品主成分分析

差異基因表達及相關通路富集分析

circRNA預測及鑒定

circRNA差異分析

差異circRNA宿主基因的通路富集分析

差異circRNA的靶向miRNA預測分析

長鏈非編碼RNA差異分析

高級分析

差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

circRNA及靶向miRNA網絡調控

部分結果展示

polysome profiling 實驗圖譜

顯著性差異表達基因熱圖

比較差異表達基因火山圖

GO 功能分析

KEGG 富集分析

Polysome-seq原始樣本送樣建議

*翻譯組測序的細胞樣本處理方法和轉錄組測序不一樣，具體處理、保存和運輸方法請咨詢技術支持。

物種范圍：人、小鼠、大鼠等，其他物種請詳詢銷售或技術支持