服務(wù)介紹

通過m6A特異性抗體識別并結(jié)合具有m6A修飾的RNA片段進(jìn)行免疫共沉淀，對富集下來的RNA片段進(jìn)行高通量測序。結(jié)合生物信息學(xué)分析，即可在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)對m6A修飾進(jìn)行系統(tǒng)研究。

RNA m6A甲基化測序技術(shù)路線

測序方案

上機(jī)平臺：Illumina Novaseq 6000/NovaSeq X Plus 

測序模式：PE150
測序數(shù)據(jù)量：12 Gb raw data

案例1

案例2

生物信息分析

基礎(chǔ)分析

測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估

比對結(jié)果質(zhì)控

基因覆蓋度分析

m6A peaks識別

m6A peaks特征注釋

m6A mRNA分析

甲基化mRNA的motif分析

m6A lncRNA分析

甲基化lncRNA的motif分析

circRNA識別鑒定分析

circRNA的m6A富集分析

甲基化circRNA的motif分析

高級分析

甲基化基因的差異表達(dá)分析

差異甲基化基因GO功能富集分析

差異甲基化基因KEGG通路分析

差異甲基化基因reactome通路分析

甲基化lncRNA的差異表達(dá)分析

差異甲基化lncRNA的順式編碼基因的GO功能富集分析

差異甲基化lncRNA的順式編碼基因的KEGG通路分析

差異甲基化lncRNA的順式編碼基因的Reactome通路分析

甲基化circRNA的差異表達(dá)分析

差異甲基化circRNA宿主基因的GO功能富集分析

差異甲基化circRNA宿主基因的KEGG通路分析

差異甲基化circRNA宿主基因的Reactome通路分析

個(gè)性化分析

與轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析

關(guān)聯(lián)分析四象限圖

部分結(jié)果示例

圖1. RIP 富集分布分析

圖2. m6A基因組特征分布分析

圖3. m6A 全基因組分布分析

圖4. m6A的元基因分析

圖5. m6A 特定基因豐度展示

圖6. KEGG通路富集分析

圖7. Motif分析

圖8. 轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析四象限圖

Table.MeRIP-Seq原始樣本送樣建議

Table.MeRIP-Seq RNA樣本送樣建議

*更具體的送樣方法請?jiān)斣冧N售或技術(shù)支持

物種范圍：人、小鼠、大鼠等哺乳動物，其他物種請咨詢銷售或技術(shù)支持

Q1：做MeRIP-seq是否還需要另外做普通的轉(zhuǎn)錄組測序？

A1：不需要，Input數(shù)據(jù)即可作為普通全轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。

Q2：為什么MeRIP-seq需要同時(shí)測Input和IP樣本？

A2：MeRIP-seq實(shí)驗(yàn)設(shè)置中Input和IP組成一對樣品。實(shí)驗(yàn)環(huán)節(jié)IP樣品用m6A抗體特異性富集甲基化修飾的RNA片段，而Input僅僅是片段化的RNA則作為對照消減背景噪音，在建庫、測序平行開展。結(jié)合峰檢測分析需整合兩個(gè)樣本的數(shù)據(jù)，并利用Input數(shù)據(jù)排除本底表達(dá)水平高或非特異性結(jié)合的peaks，以提高calling peak的準(zhǔn)確性。

Q3：開展MeRIP-seq是否有物種限制？

A3：如不是人、小鼠和大鼠的物種建議先進(jìn)行咨詢。一般有參考基因組，且基因組拼接至染色體水平，gtf注釋文件較完整的物種都可以開展；真核、原核或病毒在結(jié)合峰檢測涉及的軟件和參數(shù)存在差別，原核或病毒項(xiàng)目建議先評估。