服務(wù)介紹

RNA pull-down是檢測RNA結(jié)合蛋白與其靶RNA之間相互作用的主要實驗手段之一。RNA pull-down標(biāo)簽法原理：將RNA標(biāo)簽（可產(chǎn)生特殊結(jié)構(gòu)，與捕獲蛋白結(jié)合）引入circRNA中，通過捕獲蛋白結(jié)合circRNA上的標(biāo)簽 ，實現(xiàn)捕獲蛋白/circRNA/RBPs/miRNA復(fù)合物產(chǎn)生；再通過捕獲蛋白抗體下拉復(fù)合物，對捕獲產(chǎn)物檢測，鑒定出可能與circRNA相互作用的蛋白或者RNA。

pull-down標(biāo)簽法技術(shù)原理（以circRNA為例）

技術(shù)優(yōu)勢

1. 通過基因過表達(dá)載體引入外源標(biāo)簽，標(biāo)簽與捕獲蛋白間的相互作用遠(yuǎn)遠(yuǎn)強(qiáng)于探針分子的捕獲作用，特異性更高；

2. 標(biāo)簽的插入位置可靈活設(shè)計；

3. 不依賴于細(xì)胞內(nèi)基因本底表達(dá)量，對細(xì)胞內(nèi)表達(dá)豐度低的基因同樣適用。

客戶提供

1. 基因名稱（ID）、長度、序列、物種；

2. 指定載體名稱；

3. 實驗?zāi)康模?/span>

4. 預(yù)測結(jié)合位點信息；

5. 細(xì)胞和細(xì)胞相關(guān)信息。

我們提供

1. 詳細(xì)的circRNA pull-down完整實驗報告（包含載體構(gòu)建、誘導(dǎo)表達(dá)、pull-down富集等）；

2. 帶標(biāo)簽過表達(dá)質(zhì)粒、不帶標(biāo)簽過表達(dá)質(zhì)粒、對照質(zhì)粒（贈送）等；

3. 額外贈送（以下情況任選一）：質(zhì)譜檢測2個樣本；pulldown產(chǎn)物3個以內(nèi)miRNA qPCR檢測。

circRNA pull-down實驗分組

案例1

參考文獻(xiàn)：

Chen Z, Li Y, He K, Yang J, Deng Q, Chen Y, Fu Z. CircGPRC5A enhances colorectal cancer progress by stabilizing PPP1CA and inducing YAP dephosphorylation. J Exp Clin Cancer Res. 2023 Dec 6;42(1):334. doi: 10.1186/s13046-023-02915-7. PMID: 38057879; PMCID: PMC10698990.

案例2

參考文獻(xiàn)：

Yuan Y, Zhang X, Du K, Zhu X, Chang S, Chen Y, Xu Y, Sun J, Luo X, Deng S, Qin Y, Feng X, Wei Y, Fan X, Liu Z, Zheng B, Ashktorab H, Smoot D, Li S, Xie X, Jin Z, Peng Y. Circ_CEA promotes the interaction between the p53 and cyclin-dependent kinases 1 as a scaffold to inhibit the apoptosis of gastric cancer. Cell Death Dis. 2022 Sep 27;13(9):827. doi: 10.1038/s41419-022-05254-1. PMID: 36167685; PMCID: PMC9515085.

通過pull-down實驗將MS2-CP-MS2-circRNA復(fù)合物拉下來，WB檢測MS2-CP蛋白，RT-qPCR檢測目的circRNA的富集程度。

pull-down樣品分組

WB檢測結(jié)果

圖1 pull-down 前后樣本W(wǎng)B檢測結(jié)果（Flag抗體）

（1~8組分別對應(yīng)pull-down實驗分組樣品編號）

RT-qPCR驗證pull-down富集效果

qPCR產(chǎn)物檢測hsa_circ_00AAAAA富集倍數(shù)

圖2 pull-down產(chǎn)物檢測hsa_circ_00AAAAA富集倍數(shù)

（1~8組分別對應(yīng)pull-down實驗分組樣品編號）